dovetailgenomics 21006說(shuō)明書

Dovetail™ Micro-C Kit在鄰近連接之前使用微球菌核酸酶 ( MNase ) 進(jìn)行染色質(zhì)消化。該試劑盒提供了在生成 NGS 文庫(kù)之前對(duì)哺乳動(dòng)物樣本進(jìn)行鄰近連接步驟所需的所有試劑。該試劑盒與用于 Illumina 的 Dovetail™ 文庫(kù)模塊（貨號(hào) #25004）和用于 Illumina 測(cè)序的第 3 方標(biāo)準(zhǔn)雙端文庫(kù)制備試劑盒兼容。

Dovetail Micro-C 套件具有以下主要優(yōu)點(diǎn)：

• 與序列無(wú)關(guān)的染色質(zhì)片段化甚至可以在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)染色質(zhì)接觸（使用基于限制性酶的 Hi-C 方法無(wú)法覆蓋多達(dá) 20% 的基因組）

• 染色質(zhì)接觸的超高核小體水平分辨率

• 最高的信噪比數(shù)據(jù)，同時(shí)豐富了遠(yuǎn)程信息讀取和核小體保護(hù)片段

Dovetail Micro-C 庫(kù)豐富了所需的 Hi-C 特性

所述MNase酶既具有不依賴序列的內(nèi)切核酸酶和外切核酸酶活所以產(chǎn)生的片段是核小體的長(zhǎng)度（146堿基對(duì)）。該協(xié)議的鄰近結(jié)扎部分經(jīng)過(guò)優(yōu)化，以最大限度地提高遠(yuǎn)程交互。由此產(chǎn)生的高度均勻的短片段能夠?qū)崿F(xiàn)染色質(zhì)接觸的核小體水平分辨率，這是理論分辨率的最大值。

改進(jìn)的拓?fù)涮卣髡{(diào)用

在鄰近連接數(shù)據(jù)中檢測(cè)更高階特征（例如染色質(zhì)環(huán)）的能力取決于豐富遠(yuǎn)程信息讀取以捕獲染色質(zhì)相互作用頻率。與基于 RE 的方法相比，增加的染色體構(gòu)象信息讀取結(jié)合超高分辨率改善了循環(huán)調(diào)用。

Dovetail Micro-C *地捕捉核小體定位

用MNase消化的染色質(zhì)顯示了在 Dovetail™ Micro-C 文庫(kù)中可見的全基因組核小體圖譜。該圖由與受核小體保護(hù)的 DNA 相關(guān)的序列讀取峰和代表可被MNase消化的干預(yù) DNA 的谷組成。這種振蕩發(fā)生在 ~146 bp 的頻率（包裹在單核小體周圍的 DNA 長(zhǎng)度）。此功能是 Micro-C 數(shù)據(jù)的，因?yàn)樗诨?RE 的方法中不存在。Dovetail™ Micro-C 實(shí)現(xiàn)的全基因組核小體定位和超分辨率染色體拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)相結(jié)合，有助于從核小體到核小體染色質(zhì)接觸的映射。